漳州港尾铁路位于福建省漳州市正线线路自厦深线漳州南站厦门端(对应厦深线正线里程DK39+200)接轨引出,穿照镜山隧道后经雩林、普边,穿云峰果隧道(1145m),至海澄镇溪北村征头后预留海澄站;线路继续前行,再经仓浦、岭头,穿笔架山隧道至埭尾,于东园镇枫林村附近上跨沈海高速公路,后穿东园隧道(1266m),过风山村、跨南溪河,经溪山村北侧穿溪山隧道,至浮宫镇际都村设浮宫站;之后线路沿S208公路南侧而行,再经溪东水库北岸后穿亭仔岭隧道(1086m)、过汤头村,至港尾规划区东南侧东山村附近规划预留港尾站;线路后经古城、石坑,继续向前延伸,以长隧道形式穿越太武山(太武山隧道长度3929m),最后至后石港区设深沃站。